Đa phần thức ăn khi hâm nóng trong lò vi sóng sẽ bị giảm hàm lượng dinh dưỡng, một số loại thực phẩm còn bị biến chất, gây hại cho cơ thể. Các loại rau lá màu xanh khi đun lại trong lò vi sóng có thể trở nên độc hại, đặc biệt là cải bó xôi vì loại rau này có chứa lượng sắt cao, do đó, việc hâm nóng có thể làm oxy hóa chất sắt có trong rau. Quá trình oxy hóa sắt tạo ra các gốc tự do nguy hiểm, được biết đến là nguyên nhân gây ra nhiều bệnh bao gồm vô sinh và ung thư. Trứng là nguồn cung cấp protein dồi dào, sau khi trứng chín nên ăn ngay, nếu hâm nóng trong lò vi sóng có thể bị ôxy hóa gây ung thư. 