Bóng đá nam và nữ SEA Games 2025 khả năng cao lần đầu áp dụng thể thức 3 bảng, thay vì một hoặc hai bảng như hàng chục năm qua.
Bóng đá nam có 11 đội tuyển tham dự, sẽ chia thành hai bảng bốn đội và một bảng ba đội. Nếu là 10 đội thì chia thành hai bảng ba và một bảng bốn. Các đội thi đấu vòng tròn một lượt. Ba đội nhất và một đội nhì thành tích tốt nhất sẽ vào bán kết.
Trong khi đó, bóng đá nữ dự kiến cho chín đội cũng chia thành ba bảng. Tuy nhiên, nếu số lượng đội tham dự ít hơn thì chủ nhà có thể giảm xuống còn hai bảng đấu.
Việc xếp hạt giống sẽ dựa trên kết quả thi đấu gần nhất tại SEA Games ở Campuchia 2023. Thái Lan là chủ nhà sẽ nằm ở bảng A với số lượng đội ít nhất.
Ở bóng đá nam, nhà vô địch Indonesia và HC đồng Việt Nam sẽ nằm ở hạt giống số một. Ở bóng đá nữ, Việt Nam vô địch cũng chắc chắn nằm ở hạt giống số một, bất chấp có hai hay ba bảng.
