Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương lý giải, vaccine cúm sẽ có hiệu lực bảo vệ lên đến 90% đối với những chủng có trong vaccine, còn về tổng thể với tất cả các chủng cúm mùa, hiệu lực bảo vệ của vaccine chỉ là 50-60%. Đây chính là nguyên nhân nhiều người đã tiêm vaccine cúm nhưng vẫn mắc cúm.
Virus cúm liên tục thích nghi và thay đổi mỗi năm, năm nay chủng này lưu hành, năm khác chủng khác lưu hành. Vì thế hiệu quả bảo vệ của vaccine cúm cũng khác nhau qua các năm. Miễn dịch có được từ vaccine hoặc do tự nhiễm lần trước không thể bảo vệ khỏi chủng virus trong lần sau, nhất là khi nồng độ kháng thể bảo vệ có thể giảm theo thời gian.
Tuy hiệu lực bảo vệ không cao nhưng vaccine cúm giúp giảm khả năng chuyển nặng hoặc gặp biến chứng. Theo Trung tâm Kiểm soát và Phòng ngừa Dịch bệnh (CDC) Hoa Kỳ, nhóm trẻ (6 tháng đến 17 tuổi) được tiêm vaccine cúm đã giảm tình trạng gặp bác sĩ chăm sóc sức khỏe 59 – 67%, giảm khả năng nhập viện vì cúm 52- 61%.
Đồng thời, vaccine cúm mang lại hiệu quả bảo vệ cho cả người lớn, giảm nguy cơ thăm khám bệnh do cúm 33 – 49%, giảm khả năng nhập viện 41 – 44%. Ở người cao tuổi, vaccine cúm cũng hạ thấp tỷ lệ nhiễm cúm, thăm khám bác sĩ hơn.