Hạt sen nhiều giá trị dinh dưỡng nhưng khi sử dụng bạn cần lưu ý liều lượng để điều chỉnh phù hợp với sức khỏe, tuổi và các yếu tố liên quan khác. Liều thông thường là khoảng 2-3 nắm hạt sen, hoặc từ 250 mg đến 3 g bột hạt sen, hay 2-5 g tâm sen.
Trẻ nhỏ không nên ăn quá nhiều hạt sen do hệ tiêu hóa còn non yếu, không thể hấp thụ. Bên cạnh đó, chúng còn có thể bị dị ứng, gây khó thở, ngứa da, nôn, tiêu chảy, thậm chí sốc phản vệ, tử vong nếu không cấp cứu kịp thời. Cha mẹ không nên trộn lẫn hạt sen vào cháo vì nó dễ khiến trẻ đầy bụng, khó tiêu, biếng ăn.
Hạt sen có đặc tính chống tiêu chảy. Vì vậy, dùng nhiều có thể dẫn đến đầy bụng, khó tiêu, táo bón. Người bị bệnh gout hoặc tiền sử sỏi thận, nguy cơ bị sỏi thận nên ăn hạt sen mức vừa phải. Người mắc bệnh tim khi dùng hạt sen phải bỏ tâm sen hoặc dùng chúng với lượng vừa phải. Bạn nên sao tâm sen đến ngả vàng để khử độc trước khi dùng.