Mặc dù dầu cá Omega 3 rất tốt cho sức khỏe và có thể sử dụng thường xuyên song với một số trường hợp quá mẫn cảm hoặc dùng quá liều, bạn có thể gặp phải một số tác dụng phụ sau: Hôi miệng, có mùi tanh, buồn nôn, phát ban, phân lỏng, ợ nóng, khó tiêu…
Nếu các tác dụng phụ này thường xuyên xảy ra với mức độ nghiêm trọng, hãy ngưng sử dụng dầu cá và tham khảo ý kiến của bác sĩ. Việc thay đổi loại sản phẩm dầu cá phù hợp sẽ giúp giảm bớt tình trạng này.
Tiêu thụ quá mức dầu cá nói riêng và Omega 3 nói chung còn có thể dẫn tới nhiều ảnh hưởng sức khỏe khác khó có thể nhận biết như: Tăng đường huyết ở bệnh nhân tiểu đường, tăng nguy cơ chảy máu cam, chảy máu nướu, hạ huyết áp, tiêu chảy, mất ngủ.