Mướp đắng loại quả mang lại nhiều lợi ích cho sức khỏe. Nhưng, các chuyên gia y tế khuyên bà bầu nên tránh ăn mướp đắng vì nó có thể gây ra các cơn co thắt sớm và sảy thai. Bất kỳ ai sử dụng chất nền P-glycoprotein hoặc chất nền Cytochrome P450 cũng có thể gặp vấn đề với mướp đắng. Mướp đắng có thể không an toàn khi sử dụng cùng với các thuốc hạ đường huyết hoặc insulin khác. Mướp đắng không phải là một loại thực phẩm dễ gây dị ứng thường được biết đến, tuy nhiên trong một số trường hợp, phản ứng quá mẫn cảm có thể xảy ra. Tiêu chảy, nôn mửa và đau đầu cũng có liên quan đến việc sử dụng mướp đắng.