Xì dầu chứa nhiều selen và một số khoáng chất khác tốt cho sức khỏe nhưng trong quá trình lên men của xì dầu, protein mục nát phân giải sinh ra nhiều chất dạng amin, có thể chứa cả nitrit. Đây là chất có thể gây ung thư nếu tiêu thụ nhiều. Trong xì dầu có chứa goitrogens, hóa chất này làm gián đoạn quá trình tổng hợp hormon thyroidal, nguyên nhân gây suy giảm tuyến giáp. Trong khi xì dầu truyền thống chứa ít calo và carbs, nhưng nó lại có hàm lượng natri rất cao. Nếu ăn thường xuyên sẽ ảnh hưởng đến sức khỏe tim mạch. Ngoài ra, còn ảnh hưởng đến sức khỏe sinh lý vì xì dầu có chứa chất isoflavones.